在孩子出生前的二三十年里，母亲通过正常的生活过程在乳头和乳头周围的皮肤和导管上积累了一些有益的正常细菌。通过母乳喂养，将人体正常菌群的种子输送给儿童。对孩子和他们的生活的好处是不可估量的。但是现在很多父母很容易放弃这种自然的过程，或者感觉乳头和前乳脏了。

1980年美国临床营养杂志出版了一篇论文“母乳喂养对新生儿肠道双歧菌群的影响“作者为H. Beerens, C. Romond, 和 C. Neut三位医生。三位指出用不同组合的双歧杆菌喂养婴儿，双歧杆菌的数量可能相近，但种类有差别。这些差别会对健康产生很大的影响。这项研究还显示用牛乳和母乳喂养的婴儿的主要区别在于牛乳喂养的宝宝会存在很高含量且危险的拟杆菌属，梭菌属和大肠杆菌属细菌。这样的高含量也不会随着孩子的长大而降低。

人体肠道正常菌群的建立，最初来自母乳喂养，喂奶的过程，不仅对于孩子的先天免疫，对获得性免疫都非常重要。虽然乳汁是一种非常有营养的液体，不需要加温，不需要消毒。但母乳喂养不是无菌的过程，是个有菌的过程的。而这些菌不是任意来的，是妈妈在生育孩子二、三十年前就开始准备了。

母乳喂养不仅为孩子提供营养素,还完成孩子肠道正常菌群的建立，可以调节婴儿的免疫功能，促进肠道的成熟，完善婴儿正常免疫功能。使孩子对食物逐渐产生耐受的状态，对今后能够接受更多、更丰富的食物奠定基础。

在检查了各种可以增强婴儿胃肠道中有益菌的定殖的食物来源后，医生的结论是人乳仍然是最好的。他们这样写到：没有其它哺乳动物的乳汁能促进双歧杆菌的生长（B. infantis, B. bifidum, and B. longum）。这表明在人乳中存在一种特殊的因子即我们今天熟知的“双歧因子”。